La siguiente tabla describe la compatibilidad de cada sistema de archivos con varios sistemas operativos.
| NTFS | FAT | FAT32 |
| Un equipo que ejecuta Windows 2000 puede tener acceso a los archivos de una partición NTFS. Un equipo que ejecuta Windows NT 4.0 con Service Pack 4 o posterior puede tener acceso a algunos archivos. Otros sistemas operativos no permiten el acceso. | Es posible tener acceso a través de MS-DOS, todas las versiones de Windows, Windows NT, Windows 2000 y OS/2. | Es posible tener acceso a través de Windows 95 OSR2, Windows 98 y Windows 2000. |
La siguiente tabla compara el disco y los posibles tamaños de archivo con cada sistema de archivos.
| NTFS | FAT | FAT32 |
| El tamaño mínimo de volumen recomendado es aproximadamente de 10 MB. El tamaño máximo del volumen recomendado en la práctica es de 2 TB (terabytes). Son posibles tamaños muchos mayores. No puede utilizarse en disquetes. | Volúmenes del tamaño del disco hasta 4 GB. No admite dominios. | Volúmenes entre 512 MB y 2 TB. En Windows 2000, únicamente puede dar formato a un volumen FAT32 hasta 32 GB. No admite dominios. |
| Tamaño del archivo limitado únicamente por el tamaño del volumen. | Tamaño máximo de archivo de 2 GB. | Tamaño máximo de archivo de 4 GB. |
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